药师咒：

南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵！鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃！

药师咒释义：

南无 --皈依礼敬，有时简短说【皈命】。

薄伽伐帝 --即是【世尊】“薄伽梵”另一音译。因此念时帝音是轻声的 t音。

鞞杀社 --“社”字发音现在有人注为“及牙--连音”，其实社字用台语发音（西牙连音）就很正确了。意思是【药】。

窭噜 --【师】现在也用“古鲁”。

薜琉璃 --这句也音译为“排都里牙”，即是【琉璃】。

钵喇婆 --【光】的意思。

喝啰阇也 --【王】，因为药师佛为东方七佛之首（这依世尊提及的顺序而列）。

怛他揭多耶 --【如来】（也译“打他噶打牙”）。

阿啰喝帝 --【应供】。

三藐三勃陀耶 --【正等正觉】。

怛侄他 --【即是】也译为“所谓”。

唵--身语意【三身皈命】，即“真正的咒心”，真言门用来启动咒语之用。

鞞杀逝、鞞杀逝--【药、药】，“逝”（读音“接”）为多数词连用时的变音

鞞杀社 --【药】，单用或连用一字时的结束词。

三没揭谛 --【自度度他】。“没”字音为“墨”字，有译为“母尔”。

娑诃 --【圆满达成】。也译为梭诃，或其它如“娑婆诃”等。

所以整句咒的意思是∶

【皈命世尊药师琉璃光王如来应供正等正觉，即是三身皈命药、药、药，自度度他，圆满达成】

所以药师如来有三种药，身药、语药、意药，身药找医师，语药靠慈悲，意药便是清净心，三药能去病，三业障难自然消除，是不是很有道理